Ministro Suizo en Budapest, 1936-44
En 1936, Jaeger fue transferido a Budapest, que era el lugar dónde Suiza había establecido una legación el mismo año. Fue el jefe de la misión suiza, y el supervisor directo de Carl Lutz. Jaeger jugó un papel predominante al oponerse a la deportación de judíos por funcionarios nazis y de la Cruz Flechada. En particular, trató de persuadir a los nazi de deportar judíos a Aschwitz y respetar la neutralidad de las 76 casas protegidas. Las actividades del Ministro Jaeger fueron útiles para proporcionarle a Lutz las condiciones necesarias para el rescate de judíos en Budapest. Lutz aclaró que el Ministro siempre le dio una amplia libertad de acción, y confiaba totalmente en él. Desde que empezó la guerra, Jaeger envió informes regulares al Ministerio en Berna sobre el destino de los judíos en Hungría.